隨著現代醫學及兒童心臟科的不斷發展，百分之九十的先天性心臟病都能夠得到有效的治療。成功的治療是要經過一個複雜的過程，醫護人員及家長齊心協力工作下才能達到。 先天性心臟病的治療大致可分成三大類 :
(A) 藥物：
藥物可說是比較暫時性的治療，通常是在接受外科手術或導管手術前用來穩定病情的方法。
治療心臟衰竭的藥物 --- 有毛地黃、利尿劑、血管擴張劑、鉀鹽等。
發紺病童所用的藥物 --- 乙型阻斷劑可以預防突發性嚴重缺氧。
治療心律不正常的藥物 --- 小部份病童在手術前或手術後會有心律過速的現象，合適的藥物可以控制心跳突然加快的發生。
抗凝血藥物 --- 部份病童在接受了分流手術或換心瓣手術後，需服食抗凝血藥物，以防止血液凝固引致血栓塞。
(B) 介入性導管手術：
心導管手術是近年來發展最快的治療方法，它適用於治療動脈導管未閉、肺動脈狹窄、主動脈狹窄和部份心房或心室間缺損的治療，好處是創傷性低，不會在胸部留下永久性的疤痕，手術後復原快和住院時間短。此外很多手術後的後遺症，如支肺動脈狹窄等也可用此方法來代替重做手術。
(C) 外科手術：
心臟外科手術只有三十多年的歷史，是治療先天性心悅病的主要方法。早期只能做一些簡單的手術如動脈導管結紮手術，主動脈或心瓣狹窄擴寬手術等。直至人工心肺機的發明，才使心臟手術的發展一日千里，令複雜的先天性心臟病也有治癒的希望。
手術後跟進：很多術後的先天性心臟病童都需要醫護人員的跟進，因為部份仍會產生後遺症，如殘餘分流、血管狹窄 心瓣倒流、心臟功能衰退及心律不齊等。
雖然百分之九十的先天性心臟病都可以用以上三種方法治療，但仍然有百分之十左右的病童，因為太複雜的心臟結構，而不可能以矯正手術治療，需要進行換心手術，但目前香港捐贈心臟的數目非常少，希望在不久將來這情況會有所改善。
